De Tweede Wereldoorlog liet ook in Haagse Hout zijn sporen na. In mei 1940 veroorzaakte een neergestort Duitse vliegtuig nog verrassend weinig schade aan in de Adelheidstraat, maar in de volgende jaren werd het aanzien van het Haagse Hout op soms dramatische wijze aangetast. Toen de Duitsers in de laatste jaren van de oorlog het kustgebied van Den Haag omtoverden tot vestinggebied, laag ook het Benoordenhout binnen de Duitse verdedigingslinie. Op landgoed Clingendael woonde het hoofd van het Duitse bestuur over Nederland, Arthur Seyss-Inquart. Aan de landzijde werd het vestinggebied beschermd door een diepe tankgracht die dwars door het Haagse Bos liep. Voor de huizen langs de Koningskade kwam een hoge betonnen muur. Inwoners van het Benoordenhout moesten verhuizen, behalve als zij toestemming kregen om te mogen blijven. Leegstaande huizen kon men gebruiken om Duitsers te huisvesten, of Nederlanders die voor de Duitsers werkten en bang waren voor acties van het Nederlandse verzet. De aanleg van de tankgracht en de betonnen versterkingen richtten veel schade aan in het Benoordenhout en aan het Haagse Bos.

De Royal Air Force maakte op 7 april 1945 deze luchtfoto van het Benoordenhout, het Haagse Bos en het Bezuidenhout. De tankgracht slingert door het Haagse Bos en het Benoordenhout. Rechtsmidden paleis Huis ten Bosch. Rechtsonder de Laan van Nieuw Oost-Indie waar op 3 maart 1945 huizen verwoest zijn. Identificatienummer 5.20326.